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试管移植囊胚相对较好。一般冻胚是在体外培养三天后的胚胎，而囊胚培养的时间相对较长，大概是5～6天。相对来说囊胚的质量较高，能够淘汰胚胎质量不好的胚胎，因此进行试管移植时选择囊胚移植效果较好，可以避免先天发育畸形的产生几率。
如果在体外受精培养卵裂期胚胎的过程中，胚胎质量够好且数量够多，那就具备养囊胚条件，挑出一些优质的胚胎进行培养。囊胚因为比胚胎在体外存活的时间要长，而且分裂出的细胞数量也要多出很多，从体积上来比，也要超出冻胚很多，因此更好的加大了着床的可能性。
冻胚多了一道冷冻与解冻的环节，胚胎在这两个环节中，不可能保存细胞的完整性，那么丧失的部分细胞组织，就会降低胚胎的活性，从而降低着床的概率。
试管移植囊胚和冻胚都能够达到一定的效果，囊胚和冷冻胚胎都有成功和失败的可能。可以根据个人情况选择合适的移植方法，如果之前进行冻胚移植经常失败，可以选择进行囊胚移植，每种移植方法都有优缺点，适合的人群不同。
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