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夫妻染色体不合通常指夫妻双方或一方有存在染色体异常的可能性，需避免盲目怀孕生孩子，有生育要求时可做第三代试管婴儿。出现染色体异常时，可去正规大型医院进行基因疗法，但因基因疗法还处在探索阶段，成本费用、风险性都较高，是否选择慎重考虑。如无法通过基因疗法治疗，有生育要求时可做试管婴儿，选择高质量的精子和卵子进行受精，再移植到母体子宫内孕育，有望生育健康的宝宝。
在基因检测中，如果发现有女方染色体基因突变，或发现男方有导致精子生成的基因突变，此时会影响生孩子，可能会导致孩子畸形。此外，如果在基因检测中，发现一些常见的隐性基因病携带，如X连锁隐性遗传疾病，如果夫妻双方都携带此类基因，则患者子代可能会有25%的概率，会出现相同的临床表型。针对此类患者，不宜通过自然妊娠要孩子。
对于有遗传相关缺陷的患者，可以通过三代试管技术，筛选到基因表现正常的胚胎，能够要一个健康的孩子。因此，在基因检测的过程中，如果发现可能存在的遗传基因病，通常不要过于担心。建议夫妻双方在要孩子前，进行详细的遗传学检查，避免后代出现遗传缺陷的风险。
夫妻染色体不合也是可以要孩子的，但是染色体异常导致夫妻染色体不合时，应避免盲目受孕，首先因为染色体异常时，正常受孕的几率较低。其次即使怀孕也可能会流产、胎停育，反复流产对母体健康危害很大。另外，怀孕后还可能因染色体异常，导致胎儿发育畸形、出现21三体综合症等遗传性疾病等，还需终止妊娠。
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