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在一代试管婴儿治疗过程中，自然周期和人工周期的区别主要就是激素的来源不同。自然周期就是正常情况下，女性每次月经周而复始的过程中，不断检查找到最适合怀孕的状态，再配合生殖技术帮助怀孕。人工周期是患者需要额外补充激素，模拟自然周期当中雌孕激素的变化情况，将机体调整成理想的状态，再配合生殖技术进行怀孕准备。
人工周期就是用药物来模拟自然受孕状态时女性的内膜状态及体内雌、孕激素水平。通过一系列的促排卵药物刺激卵巢，以促使卵巢产生多个成熟卵子，从而增加移植胚胎怀孕的机会。
但缺点是人工周期花费高、时间长，且试管婴儿移植失败后，需要让卵巢休息2～3个月然后再进行下一周期的治疗，使治疗周期变长，较适合月经周期不正常，年龄偏大，或者既往子宫内膜偏薄、有宫腔粘连史等难以获取健康的卵子的患者。
自然周期不用任何药物刺激女性卵巢诱导排卵，依靠女性在每个月经周期排出的那个卵子，由它形成的胚胎。优点是不但省时而且节约费用，且能取得自然成熟度较好的卵子，不存在卵巢过度刺激和多胎妊娠的风险，子宫内膜环境更利于胚胎生长。
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