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试管婴儿自然周期移植一般在月经后的第14天左右进行，即月经结束后第3-5天进行。在这个时间点，女性身体内黄体酮水平比较高，有利于着床和胚胎发育。当然，具体时间还需要根据医生的指导进行调整。如果女性月经不规律，则需要根据早期生殖系统检查和激素检查的结果来确定确切的移植时间。
自然周期即没有使用药物干预，可自行排卵的月经周期，自然周期胚胎移植时间主要取决于排卵时间和移植胚胎的分期，一般卵裂胚（受精卵培养3天形成的胚胎）多在排卵后3天左右进行移植，囊胚（受精卵培养4-6天形成的胚胎）多于排卵后5天左右进行胚胎移植。
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